En mission pour sauver son monde, Bob l'Éponge arrive pour la première fois dans notre monde ! Quand le pirate Steak Barbare (Antonio Banderas) vole la recette du fameux pâté de crabe, Bob l'Éponge et ses amis sortent de l'eau pour la récupérer. Pour ce faire, ils doivent faire équipe avec leur ancien ennemi, Plankton, mais se rendent rapidement compte que pour battre un super-méchant, ils doivent libérer les super-héros qui sont en eux.