Thomas (Dylan O'Brien) y el resto del grupo tendrán que enfrentarse a su mayor desafío hasta el momento: buscar pistas sobre la misteriosa y poderosa organización conocida como CRUEL. Este viaje les llevará a el "Desierto”, un apocalíptico lugar repleto de inimaginables obstáculos. Formando equipo con miembros de la resistencia, deberán desenmascarar a las fuerzas superiores de CRUEL.