In der letzten Staffel ging es um Gestaltwandler, gefrorene Köpfe, in Bauchhöhlen eingenistete Parasitenwesen und Menschen, die plötzlich zu Asche zerfallen. Staffel drei dringt noch weiter in den Kaninchenbau. Die drei ungleichen Partner, FBI Agentin Olivia Dunham, der Wissenschaftler Walter Bishop und sein Sohn Peter untersuchen weiter die bizarrsten und bedrohlichsten Fälle an der Grenze zwischen Wissenschaft und Science Fiction.