Anknüpfend an das spannende Ende des Serien-Zwischenfinales startet „Warehouse 13“ mit einer schockierenden Nachricht: Der rachsüchtige Artie hat nicht nur das Team, sondern die ganze Welt mit dem tödlichen Artefakt „Schwarze Orchidee“ infiziert. Wenn Pete, Myka, Claudia und Steve die Gefahr nicht binnen 24 Stunden eindämmen können, wird die Welt von einer Pandemie solchen Ausmaßes heimgesucht werden, wie es sie seit dem Mittelalter nicht mehr gegeben hat.