Wir schreiben das Jahr 2980. Seit geraumer Zeit herrscht Krieg in der ganzen Galaxie und die Erde wird von der unberechenbaren Koalition der Gaia vereinnahmt. Doch eine kleine Gruppe um den legendären Captain Harlock, setzt alles daran die Menschheit zu retten. Mit ihrem Weltraumkreuzer, der Arcadia operieren sie im All zum Wohle der gefährdeten Menschheit. Doch die Gaia misstrauen Captain Harlock und sehen ihre Vormachtstellung bedroht und so entsendet Gaia-Flottenführer Ezra seinen jüngeren Bruder Logan, um die Arcadia zu infiltrieren und den Gesetzlosen Captain Harlock zur Strecke zu bringen. Doch je mehr Zeit Logan an Bord des Raumschiffes verbringt, desto größer werden seine Zweifel, auf wessen Seite er tatsächlich steht. Pflegt die Gaia Koalition wirklich nur gute Absichten? Und ist Captain Harlock so gefährlich wie alle behaupten?