Nachdem die Mystery Inc. bei einem Fall versehentlich einen Unschuldigen geschnappt hat, muss die Truppe ihre Detektivarbeit bis auf Weiteres an den Nagel hängen. Doch schon kurz darauf bittet ein alter Freund, Vincent Van Ghoul, um ihre Hilfe, und das Team nimmt die Arbeit wieder auf. Alles begann mit einer früheren Jagd auf die 12 gefürchtetsten Geister der Welt, doch Scooby-Doo, Shaggy und Daphne gelang es damals nicht, den fiesesten aller Geister zu fangen: den 13. Geist. Dieser spukt nun frei herum und die Freunde müssen ihre ungelösten Geheimnisse hinter sich lassen und eine noch offene Rechnung begleichen. In diesem schrecklich unterhaltsamen Film reisen sie zu den eisigen Hängen des Himalayas, wo sie haarsträubende Verfolgungsjagden, Wahrsagerkugeln und schaurige Zauber erwarten.