Im Jahr 2029 ist die Welt durch ein großes elektronisches Netzwerk verbunden, das jeden Aspekt des Lebens durchdringt. Das gleiche Netzwerk wird zum Schlachtfeld für Tokios Section Nine Security Force, der es aufgetragen wurde, den Meister-Hacker, Puppet Master, festzunehmen. Der Leiter der Untersuchung ist Major Motoko Kusanagi, die - wie viele in der Abteilung - ein Cyborg-Officer ist, viel mächtiger, als ihre menschliche Erscheinung es erahnen lässt. Und doch hinterlässt der Puppet Master, der selbst den menschlichen Verstand hacken kann, eine Spur von Opfern, die ihre Erinnerung verloren haben. Motoko fängt an, die Natur ihrer eigenen Existenz zu hinterfragen: ist sie nur ein künstliches Konstrukt oder ist da mehr? Was genau ist der "Geist" - ihre Essenz - in ihrer cybernetischen "Schale"?