Teil 1 der düsteren und spannenden Anime-Trilogie über die Prostituierte Rune Balot, die nach ihrer Ermordung von einem unheimlichen Arzt wiederbelebt wird und auf Rache an ihrem Mörder sinnt. Rune Balot schlägt sich in der futuristischen Stadt Mardock City als Prostituierte durch ihr hartes Leben. Doch plötzlich scheint sich alles für sie zu ändern: Als der erfolgreichen Casino-Manager Shell Septinous eines Tages in ihr Leben tritt und sie aus ihrem trostlosen Dasein befreit, kann Rune ihr Glück kaum fassen. Neugierig nach dem Grund für den abrupten Wandel in ihrem Leben stellt sie Nachforschungen über Shell an und begeht damit einen großen Fehler. Als Shell herausfindet, dass Rune Ballot in seiner Vergangenheit wühlt, sieht er rot und tötet sie kaltblütig. Allerdings hatte Shell die Polizei nicht auf seiner Rechnung, die die Verbrechensrate der Stadt um jeden Preis senken will und mithilfe von Dr. Easter Zeugen von Kapitalverbrechen wieder zum Leben erweckt. Als Rune völlig verwirrt aufwacht, hat sie nur ein Ziel vor Augen: Die Rache an ihrem Mörder.