In dieser Staffel müssen sich Walt und Jesse sowohl mit persönlichen als auch beruflichen Niederschlägen auseinandersetzen. Zudem wächst die Spannung, als Walt sich einer Pattsituation mit seinem Arbeitgeber Gus gegenübersieht, bei der keine der beiden Seiten bereit oder in der Lage ist, nachzugeben. Walt muss sich außerdem auf die veränderte Beziehung zu Skyler (Anna Gunn) einstellen, die nicht nur damit beschäftigt ist, ihre Beziehung zu ihrem Mann zu retten, sondern auch sein Geld zu waschen und ihre Schwester Marie (Betsy Brandt) und den kränkelnden Hank (Dean Norris) finanziell zu unterstützen.