Falling Skies begynder midt i de kaotiske følger af et angreb fra det ydre rum, der har gjort det meste af jordens befolkning ukampdygtig. I de seks måneder der er gået siden invasionen begyndte, har de få overlevne slået sig sammen uden for de større byer for at begynde den krævende opgave, det er at bekæmpe fjenden. Hver eneste dag sætter de civile soldater livet på spil, i deres forsøg på at beskytte de personer, som de har ansvar for, samtidig med at de er engageret i et oprør mod besættelsesmagten fra det ydre rum.