Mørket sænker sig over GOTHAM, efterhånden som superskurke, der er mere ambitiøse og fordærvede, står frem og en omgruppering af alliancer starter kampen om magten i Gotham City. Detektiverne Jim Gordon og Harvey Bullock går forrest i kampen mod kriminalitet i den korrupte by. Den anden sæson viser, hvordan Gordons moral bliver sat på en prøve, da han konfronteres med Gothams værste forbrydere. På samme tidspunkt fortsætter han sin søgen efter at opnå den unge Bruce Waynes tillid, som udvikler sig i retning af den person, som han er bestemt til at blive, efter han opdager sin fars dybeste hemmeligheder. Under den store bandekrig, som fandt sted i slutningen af den første sæson, tilkæmpede The Penguin sig magten over Gothams underverden. I den anden sæson følger vi udviklingen af Edward Nygma (The Riddler) og Selina Kyle (The Catwoman) såvel som oprindelsen af de nye skurke The JOker og Mr.Freeze.