I tretten sindsoprivende dage i oktober 1962 stod verden på randen af en ubegribelig katastrofe. Alverdens befolkninger afventede ængsteligt resultatet af en nervepirrende politisk, diplomatisk og militær konflikt, der truede med at udløse en dødbringende atomkrig mellem USA og Sovjetunionen. Thirteen Days udforsker det amerikanske præsidentembedes magt og kvaler, og instruktør Roger Donaldson indfanger al Cubakrisens neglebidende spænding og iskolde gru. Begivenhedernes uhyggelige eskalering i løbet af de skæbnesvangre dage tvang præsident John F. Kennedy and og hans bror Bobby til handling, og vi følger historien gennem præsidentens nære ven og rådgiver, Kenneth P. O'Donnel.