The House with a Clock in Its Walls fortæller den magiske historie om 10-årige Lewis, som flytter ind hos sin onkel i et gammelt, knirkende hus med et mystisk tikkende hjerte. Men hans nye bys søvnige facade bliver pludseligt vakt til live, da Lewis ved et uheld vækker de døde til live og en hemmelig verden af troldmænd og hekse åbenbarer sig.