Anden sæson af The Leftovers begynder i Jarden, Texas, som er blevet omdøbt til „Miracle“, efter man finder ud af, at ingen er meldt savnet. Byen er sidenhen blevet en magnet for turister og folk, som er overbeviste om, at byen er speciel, og at de kan føle sig trygge der. Her møder vi familien Murphy: faderen John, moderen Erika og deres tvillinger Evie og Michael. Mens han forsøger at beskytte byen mod svindlere og fupmagere, modtager John en faretruende advarsel fra en mand, som påstår at have overnaturlige kræfter. Kort tid efter dukker Kevin Garvey (Justin Theroux), Nora Durst (Carrie Coon) og Jill Garvey (Margaret Qualley) op i Miracle. Denne nylige sammenbragte „familie“ forlod Mapleton for at starte forfra, men Kevin Garvey kan ikke løbe fra sin fortid. Snart oplever Kevin, familien Murphy og resten af byen en mystisk hændelse, der forandrer deres liv for altid.