Tredje film i Resident Evil-serien foregår i en verden, der nu næsten totalt er overtaget af zombier. Kun ganske få mennesker er tilbage, og flere af dem har organiseret sig i nogle små, svært bevæbnede militser. Alice er også stadig i live og forsøger at finde frem til den sidste smittefri by på Jorden. Samtidig forsøger Umbrella organisationen at eksperimentere sig frem til en vaccine mod zombiesygdommen. Det går snart op for den ledende læge, Dr. Isaacs, at han har brug for Alices blod for at kunne gøre sine eksperimenter færdige. Tiden er ved at løbe ud, og de sidste levende mennesker må snart kæmpe den afgørende kamp mod zombierne.