Prinsen af Egypten er den fantastiske fortælling om to brødre, én af royalt blod, én forældreløs med en mystisk fortid. De vokser op som de bedste venner og deler et stærkt bånd af energisk ungdom og godhjertet rivalisering. Men sandheden sætter dem til sidst op mod hinanden, da den ene bliver hersker over det mest magtfulde imperium på jorden, og den anden vælger sit folk.