Tommy Lee Jones og Will Smith er stjernerne i filmsuccesen Men in Black, hvor de kontrollerer alt, hvad der er fremmed på Jorden. Vores planet myldrer med mystiske væsener, der på snu vist er forklædt, så de kan blande sig med den intetanende befolkning. Den tophemmelige organisation, MiB har ansvaret for at overvåge og kontrollerer al fremmed aktivitet og samtidig bevare hemmeligheden. Den livstrætte agent K (Jones) og hans entusiastiske unge partner, agent J (Smith), efterforsker flere mystiske udenjordiske dødsfald med hjælp fra den kølige og resursestærke dr. Laura Weaver (Linda Fiorentino), fra retsmedicinsk institut i New York. På sporet af den intergalaktiske terrorist (Vincent D'Onofrio) der har en dødbringende dagsorden, står K og J over for et enkelt simple befaling: Find den indtrængende, eller Jorden bliver ødelagt. Det er en helt almindelig dag for mændene i sort.