Historien følger den heltemodige indsats af medlemmerne fra den kryptozoologiske tjeneste Monarch, når de tager kampen op mod enorme monstre – heriblandt Godzilla, der støder sammen med Mothra, Rodan og hans ultimative nemesis, den trehovedede King Ghidorah. Da de forhistoriske supervæsener, som man kun kender fra myterne, vækkes til live i kampen for fuldkommen magt, hænger menneskehedens overlevelse i en tynd tråd.