アブセンシア～FBIの疑心～ (字幕版)

FBI捜査官のエミリー・バーンは、同僚で夫のニックと息子のフリン、犬のリッグスと幸せに暮らしていたが、突然行方不明になり死亡認定される。その後、コンラッド・ハーロウがエミリー殺害の罪で終身刑の判決を受けるが、彼女の遺体は見つからないでいた。それから6年後。突然、ニックのもとに収監され電話の自由などないはずのハーロウから電話が入る。戸惑うニックに対しハーロウは、エミリーが生きていると告げる。

連続殺人事件の容疑者だったハーロウが、エミリーに対する殺人罪では無罪となり釈放され、エミリー監禁事件の捜査は暗礁に乗り上げていた。ボストン市警では、ケリーという女性が、「2週間前にエミリーとセメロフが言い争うのを見た」とギブス刑事に告げたため、ギブスとFBIのラドフォードはエミリーに事情を聞く。一方ニックは、同僚のクラウンとケリーの調査を進め、ダイナーで採取した指紋から、彼女の正体を突き止め・・・。

釈放されたばかりのハーロウが自宅で殺された。そんな中、エミリーにセメロフ殺害の容疑が掛かり、ニックは事件の目撃者の身元偽装を報告し、エミリーの逮捕を待ってほしいとギブスに掛け合う。間もなくニックはクラウンが報告書を提出した時間とオフィスを出た時間にずれがあることを突き止めるが……。一方、真相の手掛かりと思われた生花店員のクーパーは、エミリー監禁の時期に刑務所に収監されていたことが判明する。

エミリーはラドフォードの自宅で血まみれの目が描かれた日記を発見し、彼が自分の監禁に関わったと確信する。ニックはエミリーの身柄をボストン市警に預けるため、いったん滞在先のホテルに2人で戻るが、その後エミリーは姿を消してしまう。ニックはエミリーを取り逃がしたとして停職処分となり、ギブスとラドフォードを中心とするチームが、エミリー捜索に当たる。エミリーは2件の殺人事件の容疑者として報道され始める。

エミリーが逃げた直後にラドフォードは何者かに射殺され、そこにニックとギブスが到着したため、2人はエミリーが殺したと思い込んでしまう。そのころエミリーは、ヴェガ先生の治療で「血まみれの目」が昔遊んだ森にあった木だということを思い出していた。チームに戻ったニックとギブスは、捜査会議に同席していたヴェガから、エミリーが2つの人格を持つ「解離性同一性障害」である可能性を指摘される。

コールブルックの森で発見された遺体は検視が行なわれ、まぶたがそぎ落とされていたことが分かる。遺体のそばにあった木に「エミリー」と刻まれていたことや、彼女が昔遊んでいた森であることからエミリーがハーロウと共犯だった可能性が高まる。同じころ、ジャックにも疑惑が浮上。彼のパソコンから7年前に開設した銀行口座に大金が入っていることが判明する。一方、ニックは当時の責任者のナッシュに会いに行く。

ジャックの手当てによりエミリーは一命を取り留め、ジャックはエミリー救助を機に酒を断つ。間もなくジャックは、ペースメーカーの持ち主をシリアルナンバーから割り出し、ルーファン･シェン博士にたどり着く。ルーファンは行動科学者だったが、物議を醸す実験を行ないマサチューセッツ工科大学（MIT)をクビになった後、エミリーが暮らしていた養護施設「バレット・ハウス」の園長になっていたことが分かる。

ニックはエミリーが写った意味深な動画を見て、彼女がアリスとフリンを誘拐したと思いこみ、記者会見を開く。一方、犯人隠避の容疑で拘束されていたジャックが突然釈放される。彼の保釈金を支払ったのは記者のローリー・コルソンで、エミリーが救出されて間もなく病院に侵入した記者だった。同じころFBIでは、エミリーが掘り起こした遺体がルーファンだと判明する。ニックとギブスは、ルーファンの兄弟エリックの店を訪ねる。

地下室で目覚めたアリスは、ドアのくぎがわずかに緩んでいるのに気付き、ドアの板を引き剥がしてフリンを助けに向かう。しかし、フリンを無事救出した直後、アリスは麻酔銃で撃たれて倒れてしまう。そのころエミリーは、エリックの店で水槽を確認。トライキングというメーカーを突き止めてジャックに報告し、ジャックはローリーに調査を依頼する。一方ギブスとニックが、チャールズに事情を聞くべく療養所で待機していると・・・。

地下におりたエミリーは麻酔銃で撃たれ、気が付いたときにはアリスと同じ部屋にいた。間もなく室内でテレビモニターがつき、仮面を着けた犯人がエミリーに関する分析を語り始める。一通り語った犯人の主張に心当たりがあったエミリーは、犯人に呼び掛ける。そして、ついに真犯人が姿を現したとき、ニックが部屋に現れエミリーに銃口を向ける。そこで水槽に閉じ込められたフリンが叫び、アリスが目を覚ますが・・・。