NCIS　ネイビー犯罪捜査班 (吹替版)

メキシコのドラッグカルテルを統率するパロマ・レイノサが、ギブスの父ジャクソンの命を狙い彼に近づいてから数ヶ月、ジャクソンは未だにNCISの厳重な保護の元に置かれていた。一方、ディノッゾはマイク・フランクスが襲撃された時の記録映像を繰り返し見ていたが、何か腑に落ちないでいた。そんな中、局長から、レイノサの部下数名の銃殺死体が発見されたとの報告が入る。

バージニア州クアンティコの高校で麻酔ガスが放出される事件が発生。事件の混乱の中、13歳のレベッカ・マンソンが誘拐されてしまう。３人のインターンを連れて現場に急行したNCISチームだったが、マンソンの祖父の二転三転する証言に翻弄される。 ※「24」のウィリアム・ディヴェインが、誘拐された少女の祖父役でゲスト出演！

海兵隊爆発物処理班の女性宅に男が侵入し、海兵隊員が男を射殺。しかし、捜査の中で、海兵隊員の身辺に渦巻く様々な疑惑が浮上する。NCISチームは現場へと赴き、FBIと共同捜査する事に。

米海軍の下士官の死体が、イギリス海軍の船舶内で発見される。NCISチームが調査を進めるが、事態は国際関係へと発展してしまう。

外交問題を議論するラジオに生出演していた海軍指揮官が、DJらと共に銃殺される事件が起きる。しかし、複数の容疑者が浮上し、捜査は難航する。

化学技師の海軍大尉がバスにひかれて死亡する。目撃証言によれば彼女は何者かから逃げようとしており、体中に謎の化学式が書かれていた。さらに大尉の体内からは毒が発見され、事故前から健康を害していたことが発覚。トニーたちはすべて彼女の被害妄想ではないかと疑うが、アビーは研究に没頭していた大尉に共感し、化学式の謎を解くために大尉の足取りを調べることに。ところが途中でアビーの行方が分からなくなってしまう。

海軍中将が友人アイバーソンの死体を発見する。アイバーソンは海軍除隊後、民間企業で働いていた。彼の足取りを調べると、何と死亡の直前にトニーの父親であるディノッゾ･シニアと飛行機に同乗していたことが発覚。さらにアイバーソンは紛失した核弾頭の在りかを知っていた疑いが持たれる。そこでギブスはコネクションがあるシニアをパーティーに潜入させて、アイバーソンの同僚たちから真相を探り出そうとする。

テロリストを追っていたギブスのチームは、モサド局員マラキとリアットに遭遇。アメリカを訪問予定のイーライ･ダヴィード局長が暗殺者に狙われているため、2人は先回りして密入国したのだという。イーライがNCISの再検討会議に召集されていたことから、ギブスたちはモサドと協力してイーライの護衛を務めることに。再検討会議では、ヴァンスとイーライが関係していたアムステルダムの任務も話し合われることになっていた。

移動中、テロリストに襲われたヴァンスとイーライ。ジヴァは彼らを隠れ家に向かわせるが、途中で通信が途絶えてしまう。ギブスが隠れ家に駆けつけてみると、イーライの側近ハダールは死亡し、ヴァンスは瀕死の状態だった。さらにイーライは行方が分からず、ジヴァとモサド局員たちは誘拐を疑って捜索に当たる。一方、ギブスは犯人を突き止めるために、ヴァンスとイーライが関係していたトライデント作戦の真相に迫る。

殺人事件の目撃者である下士官が失踪し、担当検事がNCISに捜索を依頼。冷蔵庫には七面鳥が残されており、ダッキーとアビーの分析結果を基に、ギブスたちは猟場を訪ねて回る。やがて発見された下士官は、裁判を目前に脅迫されていたことを打ち明ける。そこでギブスたちは証言を妨害している人間を捜すことに。一方、早く出勤して自ら書類を処理するなど、様子がおかしいトニー。ジヴァとマクギーは次第に不安を募らせていく。

ディナークルーズに参加していたCGIS捜査官ボーリンは、船上で殺人事件に遭遇。NCISとの合同捜査が行われる。被害者は有名企業の跡取りだったが、家業を継がずに海兵隊に入隊したという人物だった。当初、犯人は船内にいると思われたが、ダッキーとアビーの分析により、船外から発砲していたことが発覚。事件当時、クルーズ船のそばを別の船が通っていたことが明らかになり、それを見逃していたボーリンは自分を責める。

高校で勧誘を行っていた新兵募集係クレイグが殺害される。クレイグの姉によると彼はゲイであることを公言できずにいて、さらに日常的に暴力を受けていたことが発覚。そのためギブスは憎悪犯罪を疑うが、復帰したばかりのヴァンスは軍内で波風を立てるなと警告する。一方、前任の検視官マグナス博士が、突然ダッキーの元を訪れる。ダッキーはマグナス博士に司法解剖を手伝ってもらおうと提案するが、博士はある事情を抱えていた。

海兵隊のウッテン三等軍曹が撲殺される。同じく海兵の妻ジョージアは、事件当日から息子と共に姿を消していたため、ギブスたちは捜索を開始。一方で、ウッテンはビリヤードクラブに入り浸っており、そこに愛人を連れてきていたことが発覚する。やがてジョージアたちが発見され、彼女が家庭内暴力を受けていたことが明らかに。そんな中、何者かがマクギーのクレジットカードを無断で使用し、おかしなオモチャを送りつけてくる。

海軍中佐が空母で死亡しているのが発見される。空母には海外記者が乗艦中で、直後に死亡のニュースがインターネットに流出したことから、ギブスたちはアリバイのない韓国人記者を疑って捜査を進めることに。一方、ギブスのチームが精神鑑定を受けていないことを危惧し、レイチェル･クランストン博士がNCISを訪問する。現場でチームを評価するという博士は捜査について回り、メンバーそれぞれの過去を聞き出す。

ベルグレービア国防相を狙った自爆事件が発生し、警備に当たっていたアメリカ海兵隊員が死亡する。国防相の娘アドリアーナがアメリカに留学していたことから、NCISは彼女の身辺警護を任されるが、その一方でギブスは死亡した海兵について独自に捜査しようとする。護衛についたトニーやマクギーは、わがままなアドリアーナに振り回されっぱなし。さらに2人が目を離したすきに、アドリアーナが何者かに誘拐されてしまう。

スリが盗んだバッグに人間の指と歯が入っており、別の場所から海兵隊の伍長が死体で発見される。マクギーは伍長のクレジットカードから元恋人マキシンの存在を知り、彼女に話を聞くことに。すると今度はマキシンが自宅で襲撃に遭う。ギブスたちが調べを進めると、伍長のパソコンには監視プログラムがインストールされており、マキシンがゲームでハイスコアを出したことをきっかけに、伍長が殺されていたことが発覚する。

NCISの臨時職員フローマンが殺害される。フローマンの車からはNCISの押収品が見つかり、さらに彼が押収品の保管倉庫の情報を売っていたことが発覚。倉庫には女詐欺師フェルプスの財産が保管されていたことから、ギブスたちは倉庫に強盗団が押し入ると予想し、服役中のフェルプスに話を聞きに行く。一方、NCISの本部には美人捜査官が赴任。彼女はギブスのチームのすぐ隣にデスクを構え、捜査に口を挟んでくる。

退役軍人が殺害された事件で、市警の捜査では証拠不十分だったため、NCISが例外的に捜査を引き継ぐことに。自白を引き出すようヴァンスに命じられ、ギブスとトニーが取調室に入ると、そこで待っていたのは18歳の被害者の息子ニックだった。ニックは罪を認めず、感情もまったく見せないため、取り調べはなかなか進まない。一方、マクギーとジヴァはニックが薬物依存症であることを知り、更生施設に話を聞きに行く。

海軍少佐が“バードソング"という言葉を書き残して死亡。捜査を始めたギブスたちは、少佐がFBI捜査官の女性と食事していたことを突き止める。しかし自宅を訪ねてみると、すでに彼女も殺されたあとだった。被害者2人が「バードソング作戦」という本を読んでいたことから、ギブスたちは匿名で本を出版するはずだった著者を取り調べることに。一方、ギブスの元に結婚式の招待状が何通も届き、トニーはその差出人を探ろうとする

大佐の軍服に着せ替えられた一等水兵の死体が発見される。遺体は清められた後にラップにくるまれ、何の痕跡も残されていなかった。捜査に乗り出したギブスは、一等水兵の自宅に何者かが滞在していることを知り、トニーと共に現地へ。そこに突然バレット捜査官が現れ、港町で水兵を狙う“ポートキラー"という連続殺人犯を追っていることを明かす。一方、ジヴァの恋人レイがNCISを訪れ、トニーたちを驚かせる。

警備が厳重な国防総省の中で、ロス大尉の死体が発見される。監視カメラに事件の一部始終が映っており、すぐに事件は解決すると思われたが、容疑者の下士官ドナーは行方をくらましていた。さらにドナーとロスの間にはトラブルがなく、殺害の動機が見当たらないため、ギブスたちは関係者の周辺を洗うことに。一方、バレット捜査官のチームがようやくワシントンDCに勢ぞろいし、ポートキラー事件の目玉を検証し始める。

バレット捜査官たちが手掛かりを追ってハワイに飛んだあと、またしてもポートキラーの手口による殺人事件が発生。被害者は何とトニーの刑事時代の相棒ダニーだった。トニーはボルティモア市警でダニーと組んでいた頃のことや、ギブスとの初めての接触を回想する。犯人が現場に残していったクッキーの中には、意味深なメッセージが入っており、アビーは自分たちの友人がポートキラーに狙われているのではないかと懸念する。

NCISのスターク捜査官がポートキラーの犠牲になり、ギブスとバレットのチームが捜査に乗り出す。スタークの死後に彼の入館記録が残っていたことから、ポートキラーがNCISに侵入していた可能性が浮上。さらに謎の目玉の主が発覚し、とうとうポートキラーの正体が明らかに。ギブスは捜査を進めるため、メキシコからマイクを呼び寄せる。すべての発端は、ポートキラーが参加していた“フランケンシュタイン作戦"だった。

ポートキラーの正体が明らかになり、徐々に追い詰めていくギブスたち。しかし捜査中にケイドとレヴィンが銃撃に遭い、バレットは誘拐されてしまう。バレットはすぐに無事が確認されるものの、捜査責任者だった自分を責め続ける。そんな中、海軍長官がNCISを訪問。ヴァンスはポートキラーが関わっていたフランケンシュタインをめぐって、長官やCIAのコルトと対峙する。果たしてポートキラーの本当の目的は…