スリーピー・ホロウ (字幕版)

イカボッドは９ヵ月間、放浪の旅に出ていた。アビーは念願のFBI捜査官となり充実した日々を送っていたが、ある日、イカボッドから連絡が来る。

駅の構内で男性が心臓発作により急死する。彼が直前までFBIに電話をかけていたことから男性の通話記録を確認すると、不気味な声が録音されていることが分かる。

男性が刺され、殺害される事件が発生する。アビーとイカボッドは現場に向かうが、そこに血の跡はなく、イカボッドは遺体の様子から、少年時代の恐怖体験を思い出す。

ある晩、幼い少女が原因不明の昏睡状態に陥り、彼女の姉は「妹が怪物に襲われた」と証言する。姉の話によると妹を襲った怪物は"歯の妖精"らしいのだが…。

ジェファソニアン研究所からハウ将軍の遺体がクレーンのもとへ送られてくるはずだったが、届かず、早速アビーたちは消えた遺体の行方を追う。

裁判所で判事が変死する事件が起こる。判事は普段は穏やかな人柄であったが、なぜか死の直前に正気を失っていた。偶然、事件現場に居合わせたイカボッドはそこでハチの群れを目撃する。

アヌビスのかけらの中身に触れ、体に異変が起き始めるジェニー。アビーとイカボッドたちはジェニーを救う方法を探ろうとするが、同じ頃、ネビンズがある呪文を唱えていた。

パンドラにジェニーを奪われたアビーたちは後を追いかけるが、そこでミイラのような姿をした者を目撃する。なんとそれはパンドラが蘇らせた古代の神であった。

ジェニーの身代わりとなり、姿を消してしまったアビーを必死に捜し出そうとするイカボッド。古代の探知の魔術を使い、アビーの居所をつかもうとするイカボッドだったが…。

アビーは見知らぬ場所で目覚める。そこは太陽が全く動かず、空腹も眠気も感じない不思議な世界だ。一方、スリーピーホロウでは石像が動き出し、人を殺すという事件が発生する。

カタコンベから戻ったアビーは元の生活になじめずにいた。アビーはＦＢＩを辞めたつもりでいたが、上司のレイノルズから異常な連続殺人事件の捜査に、駆り出されてしまう。

脱走をしていたネビンズが警官によって発見される。しかしネビンズを逮捕した直後に謎のモンスターによって警官は殺されてしまう。その頃、ジェニーは自分を捨てた父親に会いに行く。

アビーは元の生活に戻ったように見えたが、イカボッドはなぜか安心できずにいた。一方、奇妙な動物に襲われたと思われる遺体が上がり、アビーとイカボッドは捜査に駆り出される。

アビーの心を奪うシンボルについて調べるためイカボッドは専門家に会いに行く。レイノルズやソフィーと共にＦＢＩのサバイバル訓練のため森に出かけたアビーは醜悪なモンスターと出くわす。

バンドの練習中にメンバーが怪死する事件が発生し、アビーとフォスター捜査官が捜査に当たっていた。一方、シンボルの謎を調査中のイカボッドの前には古代の神が姿を現す。

古代の神の陰謀を止めるためにはパンドラの箱を元通りにしなくてはならないことを悟ったイカボッドたち。しかし箱を再生するためにはカタコンベに行かねばならないことを知る。

金の砂時計を使い全能の力を得て、人類を滅亡させようとする古代の神。アビーとイカボッドはそれを防ぐため冥界のカタコンベへ向かい、パンドラの箱を修復しようとするが…。

カタコンベに囚われていたベッツィを過去へ返し、何とかパンドラの箱を修復したアビーとイカボッド。ふたりは元の世界に戻り、パンドラに箱を渡そうとするが…。