뉴욕 센트럴파크 동물원의 인기 스타인 알렉스, 마티, 멜먼, 글로리아. 어느 날 이들은 동물원 탈출을 모의했다는 오해를 받아 아프리카로 향하는 배에 오르고, 미지의 정글 마다가스카에 떨어진다.