Under en redningsmission i rummet rammes en af X-Mens mest elskede figurer, Jean Grey, af en kosmisk kraft, der transformerer hende til en af de stærkeste mutanter af dem alle: Dark Phoenix. I sin kamp mod denne stadig mere ustabile kraft og sine egne indre dæmoner mister Jean kontrollen, og X-Men-familien går i opløsning, da de stilles over for den farligste fjende til dato – en af dem selv.