In de nabije toekomst zijn "mutanten" de link in de evolutie. Ze zijn allemaal geboren met een genetische mutatie dat zich manifesteert in bijzondere krachten. Professor Charles Xavier (Patrick Stewart), werelds krachtigste telepaat, leert "speciale studenten" om hun krachten te beheersen. Maar wanneer een oude vriend van de professor, Erik Lehnsherr beter bekend als Magneto (Ian McKellen) een oorlog start tegen hem en de samenleving, vormt hij een groep van speciale mutanten genaamd de "X-Men".
