Michelangelo, Donatello, Leonardo e Raphael voltaram para lutar contra vilões muito mais perversos, ao lado de April O'Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) e de um recém-chegado: o mascarado justiceiro Casey Jones (Stephen Amell). Depois que o supervilão Shredder escapa da prisão, ele une forças com o cientista louco Baxter Stockman (Tyler Perry) e dois capangas desastrados, Bebop (Gary Anthony Williams) e Rocksteady (a superestrela da luta profissional da WWE, Stephen “Sheamus” Farrelly), a fim de colocar em ação um plano diabólico para conquistar o mundo. Ao se prepararem para combater Shredder e sua equipe, as Tartarugas acabam se deparando com um mal ainda maior mas com intenções parecidas: o terrível Krang.
