Kong og hans beskyttere tager ud på en farlig rejse for at finde hans rigtige hjem, og med på turen er Jia, en ung pige, som var i pleje, og som Kong har fået et tæt forhold til. Men helt uventet kommer de i vejen for en rasende Godzilla, som forårsager ødelæggelse over hele verden. Den episke kollision mellem de to ikoner – startet af hemmelige kræfter – er kun starten på et mysterium, der ligger dybt inde Jordens kerne.