Kazuya Soga soll für seine Gräueltaten im Qhardistan-Krieg zur Rechenschaft gezogen werden – doch er besteht auf seiner Unschuld und beauftragt Batou, den versteckten Beweis zu beschaffen. Auch Motoko Kusanagi soll der Sache auf den Grund gehen und gerät dabei nicht nur mit Batou aneinander, sondern muss auch herausfinden, wer ihren Logicoma-Roboter gehackt hat – und wozu.