Ein Jahr nach dem Ende des Vierten Weltkriegs explodiert 2027 eine Bombe in Newport City und tötet einen hochrangigen Waffenverkäufer, welcher in Kontakt mit der mysteriösen Organisation 501 stand. Motoko Kusanagi, eine extraordinäre Hackerin und Cyborg, wird beauftragt, die Hintergründe dieses Attentats zu untersuchen. Doch die Mission gestaltet sich schwieriger als gedacht…