John Murdoch erwacht in einem schmuddeligen Hotelzimmer und kann sich an nichts mehr erinnern. Er leidet an Amnesie. Doch nicht nur die Polizei ist ihm auf den Fersen, auch die bleichgesichtigen, glatzköpfigen "Fremden", die die Bewohner von Dark City als Versuchsobjekte benutzen, um der menschlichen Seele auf die Spur zu kommen und sich selbst das Fortbestehen zu sichern.