In seinem ersten Kinofilm "Balto - Ein Hund mit dem Herzen eines Helden" hat der Wolfshund Balto viele kleine und große Fans gewonnen. Nun ist Balto mit einem neuen spannenden Abenteuer wieder da - und er ist nicht alleine: Zusammen mit seiner Tochter Aleu unternimmt er in "Balto - Auf der Spur der Wölfe" eine aufregende Reise in die arktische Wildnis. Als Balto Vater wird, könnte niemand stolzer auf die Welpen sein, als er selber. Schon sehr bald haben alle kleinen Hunde ein neues schönes Zuhause gefunden - mit Ausnahme der kleinen Hündin Aleu. Sie ist die einzige, die einem Wolf ähnlicher sieht als einem Hund. Aleu merkt leider schnell, dass sie auf Grund ihres Aussehens niemals so akzeptiert werden wird, wie ihre Geschwister. Eines Tages wird das Gefühl, nirgendwo dazu zu gehören, so stark, dass Aleu ausreißt und sich auf die Suche nach dem Sinn des Lebens und ihrem Platz in der Welt macht. Als Balto merkt, dass seine Tochter verschwunden ist, macht er sich sofort auf die Suche nach ihr, um sie wieder mit nach Hause zu nehmen. Doch als er sie dann endlich findet, überzeugt Aleu ihn stattdessen, sie auf ihrer Reise zu begleiten. Nach einigen Abenteuern und vielen neuen Freunden treffen die beiden auf ein Wolfrudel. Das Rudel ist auf dem Weg in eine neue Heimat und braucht dringend einen jungen, starken Anführer. Endlich findet Aleu ihre Bestimmung ...