L'incontro di un padre e di un figlio che non si vedono da anni, Gendo e Shinji Ikari, si trasforma nel teatro di una guerra spaventosa. La battaglia del genere umano contro le creature denominate Angeli è giocata con armi di nuova concezione (gli Evangelion) e al contempo antichissime (l'intelletto dei tecnocrati che manipola i sentimenti dei soldati al fronte). Un finale ben diverso da quello che Shinji, nel giorno in cui fa ritorno a Neo Tokyo-3 per riabbracciare il genitore, aveva immaginato. Sconfitta la tentazione di scappare da sé stesso, il “pilota della speranza” scopre un mondo nuovo, popolato da cognizioni apparentemente inconciliabili con l'individuo che era prima di approdare alla Nerv.