La obscuridad surgirá

Nya ha encontrado un lugar para vivir y junto con el sensei, irá de viaje. Los serpentines han sido exiliados. Lord Garmadon pretende gobernar Ninjago y promete a los serpentines un hogar por lo que se alían con él. Lloyd ha sido secuestrado por Skales.

El sensei y el equipo entrenan a Lloyd. Mientras tanto, Lord Garmadon tiene en su poder la mega arma y piensa usarlo contra la mascota ninja. Lloy disfruta de su entrenamiento en el Mojo Dojo y su instructor ha sido secuestrado por los piratas.

El equipo encuentra dificultades entrenando a Lloy pues no pueden encausar su gran poder. Lord Garmadon por su parte, entrena a su equipo y crea los dobles de los ninjas, pero leales hacía él, su misión, destruir a los ninjas originales.

El entrenamiento de Lloyd continua. Ahora los ninjas también se preparan para el gran rally Ninjago, ya que, si lo ganan, podrán conservar el Mojo Dojo que amenaza con ser destruido, en su lugar, harán un campo de tiro de golf.

Cuando el Ninja interrumpe a Lord Garmadon para que no use su Mega-Arma para hacer retroceder el reloj y dar vida a los fósiles de un monstruo, los Ninja son golpeados, ahora se ven obligados a solicitar la ayuda de Lloyd para luchar contra los despiertos

Cuando Garmadon viaja atrás en el tiempo para deshacer el pasado y librar al ninja del futuro, el ninja lo sigue e intenta detenerlo usando las armas doradas del pasado para enfrentarse a la mega-arma de Garmadon.

Los ninjas se enfrentan con una exhibición de un guerrero samurái de piedra que el veneno tóxico del Gran Devorador ha dado vida, mientras que Garmadon se las arregla para encontrar una legendaria Isla Oscura de la que se dice que tiene poderes oscuros.

Los ninjas intentan huir del resto del Ejército de Piedra que ha cobrado vida gracias al veneno tóxico del Devorador, y las cosas empeoran mucho cuando Garmadon llega con un «Casco de la Oscuridad» y se hace con el control del Ejército de Piedra.

Los ninjas, Lloyd, Sensei Wu y Misako viajan a la Isla Oscura para encontrar un Templo de la Luz que puede restaurar los poderes elementales de los Ninjas, pero son atacados por Starteeth (estrella de mar con forma de barnacla)

Después de luchar contra el Ejército de Piedra de Garmadon, los ninjas finalmente llegan al Templo de la Luz, donde utilizan sus poderes elementales puros y los concentran en Lloyd, que se vuelve más poderoso de lo que jamás imaginó.

Cuando el intento de los Ninjas de devolver el «Casco de las Tinieblas» de Garmadon a su posición en el Reloj Celestial para evitar que comience la batalla final entre Lloyd y su padre, se crea una superarma que puede destruir todo Ninjago.

Cuando Garmadon usa su nueva superarma para convertir a la Aldea Jamakai en malvada, inconscientemente altera el equilibrio, permitiendo que el espíritu del Señor Supremo se cruce y se apodere de su cuerpo.

Una gran oscuridad ha caído sobre Ninjago, ya que la superarma de Garmadon la ha vuelto malvada, pero Lloyd y los Ninjas descubren que la luz es más poderosa que la oscuridad y la batalla final está en marcha.