En 1858, à Bologne, les Mortara sont bouleversés quand la garde pontificale s'introduit chez eux pour enlever leur fils Edgardo, 7 ans. Bien que né dans une famille juive, l'enfant a été baptisé en cachette par sa nourrice lorsqu'à peine âgé de six mois il était tombé gravement malade. Selon le code de droit canonique, Edgardo doit désormais recevoir une éducation catholique. Soutenus par l'opinion publique, de plus en plus hostile à l'emprise du Vatican, les parents Mortara se démènent pour retrouver leur fils. Consciente de perdre du terrain en Italie, l'Eglise s'y oppose, et le combat prend une tournure politique.