I 2029 er verden blevet forbundet af et enormt elektronisk netværk, som præger hvert aspekt af livet. Det samme netværk er også blevet en kampplads for Tokyos Sektion Ni sikkerhedsstyrke, som er blevet anklaget for at pågribe mesterhackeren kendt som Dukkemesteren. I spidsen for efterforskningen er major Motoko Kusangi, som- ligesom mange på hans afdeling - er en cyborgbetjent, meget mere magtfuld end hendes menneskelige fremtoning ville antyde. Og stadigvæk som Dukkemesteren, som tilmed er i stand til at hacke menneskehjerner, som efterlader et spor af ofre, som har fået deres minder stjålet. Motoko begynder at fundere over sin eksistens’ natur: er hun en ren kunstig konstruktion, eller er der mere? Hvad præcis er “ånden” - hendes væsen - i hendes kybernetiske “skal”?