Basierend auf einer tatsächlichen Begebenheit, erzählt Fly Away Home die herzerwärmende Geschichte des alleinerziehenden Vaters Thomas Alden (Jeff Daniels), der seine Tochter Amy (Joanna Paquin) nach neunjähriger Trennung wiedertrifft. Bei ihrer Trauer über den Verlust der Mutter findet die dreizehnjährige Amy Trost in einem verlassenen Nest voller Gänseeier, das sie auf der Farm ihres entfremdeten Vaters entdeckt. Als Amy die Gänsewaisen großzieht, wird Thomas klar, dass er und seine Tochter ihnen das Fliegen beibringen müssen, damit die Gänse im Winter nach Süden ziehen können. Auf dem Weg überwinden die Luftfahrtabenteurer eine Reihe Hindernisse und Amy und Thomas finden die Beziehung, die sie schon verloren glaubten.