Le Docteur Jumba est enlevé par le diabolique capitaine Gantu. Alors que Lilo et Stitch essayent de le sauver, ils découvrent qu'il avait amené à Hawaï les 625 "cousins" de Stitch créés avant lui. Le docteur Hämsterviel qui est derrière tout ca cherche en fait à s'emparer de tous les "cousins", et ce sont Lilo et Stitch qui vont devoir les protéger tout en utilisant leurs pouvoirs à bon escient.