En Men in Black 3, los agentes J [Will Smith] y K [Tommy Lee Jones] han vuelto... al pasado. J ha visto cosas inexplicables en sus 15 años con los hombres de negro, pero nada, ni siquiera los extraterrestres, le confunde tanto como su irónico y reservado compañero. Sin embargo, cuando la vida de K y el destino del planeta están en peligro, el agente J tendrá que volver atrás en el tiempo para arreglar las cosas. J descubre que hay secretos del universo que K nunca le ha contado... secretos que se revelarán cuando se una al joven agente K [Josh Brolin] para salvar a su compañero, la agencia y el futuro de la humanidad.