Tien jaar na de invasie van Naboo, staat de Melkweg op de rand van een burgeroorlog. Onder leiding van een afvallige Jedi genaamd Graaf Dooku, dreigen duizenden planetenstelsels zich af te keren van de Galactische Republiek. Wanneer er een moordaanslag wordt gepleegd op senator Padmé Amidala, de voormalige koningin van Naboo, krijgt de 20-jarige Anakin Skywalker de opdracht haar te beschermen, terwijl Jedi ridder Obi-Wan Kenobi er achter probeert te komen wie er achter de moordaanslag zit. Gedurende zijn missie, wordt Anakin verliefd op Padmé en komt een duistere kant van hem bovendrijven. Ondertussen ontdekt Obi-Wan dat er op de planeet Kamino in het geheim gebouwd wordt, aan een Clone leger voor de Republiek. Verder onderzoek leid hem, Anakin en Padmé diep in Separatistisch gebied naar een confrontatie met Graaf Dooku, de nieuwe leerling van de mysterieuze Sith heer Darth Sidious, en het begin van de Clone Wars.