Continua la lotta serrata dell'umanità, rappresentata dai membri dell'Agenzia Speciale Nerv, alle misteriose creature chiamate “Angeli”. A occuparsi del risveglio del Terzo Angelo è Mari, pilota assegnato all'unità provvisoria Evangelion 05. Asuka, invece, si impegna a eliminare il settimo Angelo a bordo del suo Eva-02. Dopo avere sconfitto l'Ottavo Angelo, il Nono Angelo è un nemico più infido, capace di insinuarsi nella nuovissima unità Evangelion 03 e impossessarsi del pilota assegnato al collaudo, ossia Asuka. Ha quindi inizio il Third Impact.