앨리스는 아버지의 뒤를 이어 거친 바다를 항해하며 지내온다. 런던으로 돌아왔을 떄, 앨리스는 마법의 거울을 뚫고 다시금 환상의 나라 언더랜드로 돌아와 친구들을 만나게 되고, 그곳에서 '하얀여왕'을 만나 친구인 모자장수가 Muchness를 잃어버려 곤란에 처한 것을 알게 되는데… 하얀여왕은 모자장수를 살리기 위해 앨리스에게 과거로 돌아가 줄 것을 부탁하고, 과거로 돌아가기 위해 앨리스는 '크로노스피어'를 훔친다. 크로노스피어를 노리고 있는 '붉은여왕'과 '시간'으로부터 벗어나 모자장수를 구하기 위한 앨리스의 위험천만 한 시간여행을 시작 된다.